来自培训机构的推文

但是看完这条推文，你可能知道一部分。

TBtools对外开放两年多了，时不时会有熟悉和不熟悉的人跟我聊起TBtools。TBtools在每个人的认知中可能是不一样的。

有些人认为TBtools只是拖延了他们所谓的生物信息学研究。

有人说TBtools保证了他们的毕业。

也有人说TBtools帮他发了一篇文章。

或者，TBtools。。

三年前开始写TBtools。功能很简单，主要做序列提取，也做BlastWrapper(当时不健壮)。目的很纯粹。研究组的人不会找我提取序列，也可以直接炸到转录组找序列。当时接触TBtools的朋友大概都是这么想的。

当然我后来对这方面做了各种增强，也保证了它目前的健壮性。输入窗口，其支持不同的输入，无论是提取序列的全长还是提取序列片段；不仅支持ID提取，还支持ID子串匹配。...

此外，还增加了基于gff3的序列提取功能，比如提取所有序列的全长CDS和全长外显子，甚至可以一次性批量提取一个物种的所有启动子序列。

除了Blast Wrapper，可能还需要调用外部程序，所以是muscle(主要是我实现的NW算法效率不高，用于多序列比对的时候就不提了)。

你可以从子菜单中看到。

功能相对丰富，包括

无论是直接比较两个序列、两个序列文件，还是两个基因组的两个指定区间，GUI已在Blast和TBtools中提供。而且四种可视化方式往往能满足大多数人的需求。

例如

后来因为Blast2GO太慢。基于IDmapping的逻辑，我大体上写了一个GO注释的函数。当然，直接写GO和KEGG浓缩分析的函数可能更重要。所以后来很多非模型生物的朋友都认为TBtools其实就是这么做的。还包括一些可视化，比如围棋二级的可视化。后来我也写了一些浓缩结果的可视化。

慢慢的，我发现基于web的工具，比如Venny，明显是很小的韦恩图画图功能，网络太差。等待缓冲总是占用我太多的时间。应该是本地化的。所以我干脆写了一个最多支持六组的维恩图工具。当然也有后期的冷门剧情工具。

染色体上显示的基因，像MapChart等工具。

另外由于一些工具，比如热图绘制，我觉得用起来确实不方便。或者参数太少，或者各种细节不容易调整。所以我还写了一个热图工具。

所以，可能有些朋友确实认为你的工具只是一个画图工具包。

文氏图和扰乱图

当然也可以直接画SeqLogo。

综合我之前发的推文，总的来说，有了TBtools，大家不用任何命令行或者Linux或者虚拟机操作，就可以完成常见的基因家族分析。

一般包括的工具有:

好像有些培训机构提供线上线下的基因家族分析培训，各种需要用到的虚拟机，Linux，命令，脚本都可以扔掉。常见的基因家族分析项目可能只需要TBtools。

为此，朋友们开始定义TBtools: TBtools是一个基因家族分析工具包。在我看来，其实这些朋友对TBtools有很大的误解。我从来没有想过要写一个基因家族分析的工具。不是因为TBtools要做基因家族分析的工具，而是因为基因家族分析本身就是每个人都需要和了解的生物数据分析基本功。我只是简化了这些技能的实现。

如下，在我写的TBtools里，可能很多人想不到函数。

TBtools与其说是你想的基因家族分析工具，不如说是比较基因组分析工具，所以看起来比较高大上。

在过去的半个月里，在课题组的安排下，我参与了一些与基因组分析相关的工作；

基因组分析本身实际上是一项智力和体力活动。在分析的过程中，我们也发现了一些可能让大家从中获取生物信息的分析方法。

所以我花了两个晚上写了几个工具。

加上之前TBtools中存在的一些工具，相信对做基因组分析的朋友会有帮助。

但是请注意，我不能保证这些工具的使用，除非我赞助了我们课题组的户外拓展活动或合作单位。

MCScanX是比较基因组分析的常用工具。我已经把它打包成TBtools了，所以即使是windows用户也可以很容易地分析它。此外，用户无需确保gff文件和blast文件的名称相同。

关于这个工具的详细信息，请参见微信官方账号之前的推文。

Ka/Ks的计算经常受到质疑。其实如果单纯计算NG算法是非常容易实现的。目前，KaksCalculator2和PAML被广泛使用。这两个软件都是大牛软件。在TBtools中，我终于打开了去年或者前年实现的NG计算逻辑，打出了非常方便的GUI。用户几乎只用CDS序列和基因对就可以直接计算信息，而不用浪费时间在文件格式排列上。

工具在不断优化和发展。

分析的门槛也会不断被突破。

也许让每个人都有能力进行一些分析，也是促进一些事情发展的一种方式。

欢迎尚未加入TBtools QQ群的朋友。加入！

每年夏天，课题组都有内部的学生信入门培训，主要针对实验室的新生(以及主要从事湿实验的成员)。我一直收到这样的想法，其他课题组想了解我们课题组学生来信的数据分析。因此，经过博士生导师的提议和课题组的讨论，我们计划在今年暑期(7-8月间)增加10个学生信基础培训名额(以前只是在课题组内部培训，不对外开放)。参见/