斯巴达三世
斯巴达二号士兵的成功在UNSC公开斯巴达计划之前就已经成为一个传说，公开之后则被视为人类抵抗星际联盟战争的不朽神话。然而，斯巴达二号辉煌胜利的背后却有着令人担忧的现实。首先，第二阶段的斯巴达士兵数量确实太少。他们的努力可能会赢得一两场战斗，但远远不能改变战局。为了保证第二阶段斯巴达战士的质量，哈尔西博士制定了严格的基因选择标准，使得合格的候选人寥寥无几。在已经不多的候选人中，有将近一半没有通过生物改造，最终只有33名斯巴达II战士能够上战场。在这33名精锐士兵中，长年奋战的人数一直在减少。另一方面，豪西博士因为找不到合适的人选，无限期推迟了斯巴达的训练，使得后继乏人的斯巴达二阶战士。
其次，大家对斯巴达二战士和雷神装甲的训练经费足够训练装备一个营的普通战士。如此高的军费开支也让人对培养新一批第二阶段士兵的投入产出比有所保留。
第三个问题是斯巴达第二阶段为了鼓舞士气已经公开了。如果训练一批新的士兵，人们会想知道候选人和训练的细节。海军情报局恐怕不能再无拘无束地绑架孩子了，训练内容和生物改造也不能像过去那样顺利实施了。
在种种约束下，斯巴达计划不得不另辟蹊径，在玛瑙上启动绝密的斯巴达三期计划。斯巴达计划第三阶段的最终目标是训练相对优势的士兵，用更少的经费，在短时间内执行高危自杀任务。换句话说，斯巴达计划的第三阶段是用人命换时间。希望能在几十年内培养出数万名高素质的战士，从而能够对抗在数量和技术上远超人类的星际联盟军。斯巴达三期解决了二期的很多问题。虽然手段存疑，但效率和最终结果都很惊人。
1，斯巴达三世大大降低了基因选择的标准，使得更多的候选人能够参与到这个计划中来。第三期战斗机的候选人一般有400多人，最后选出300人作为一个连级单位。降低基因选择标准虽然增加了候选人数，但也让斯巴达三世士兵的整体水平参差不齐。尤其是心理素质问题很多。与第二阶段战士不同的是，第三阶段战士的候选幼儿不是在选定目标后从家中被绑架，而是“自愿加入”。第三期战士的候选人都是在星际联盟战争中失去父母和家园的外围殖民地孤儿。选定目标后，选择者会询问候选人是否要杀死星际联盟为父母报仇。在这种选拔标准和方法下，所有参加第三期项目的孩子都极具攻击性、暴力性，容易发怒、失控，在训练中经常为了一点小事和同龄人打架。
2.随着科技的发展，生物修饰和晶体植入的存活率有了很大的提高，从二期的50%左右提高到三期的100%。负责生物改造研究的菊花计划为斯巴达三世士兵提供了以下生物改造药物:
药物8942-LQ99:使骨头坚硬，几乎不可能折断。
医学88005-MX77:肌纤维蛋白使肌肉组织更厚更强。
药物88947-OP24:视角膜是一种稳定药物，增加视觉灵敏度和夜视能力。
药物87556-UD61:增加神经敏感度，减少反应时间。
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在这些药物的基础上，库尔特在训练伽马公司时加入了改变额叶神经传导的突变体009762-OO(违禁药物)。这种药物会大大增强一个人的攻击性、力量、耐力和对疼痛的耐受力。它能让人在极端情况下保持活跃，不会像普通人一样进入休克状态。但是副作用也很严重。这种药物使人丧失理性思维和战术规划能力。他们必须继续服用另外两种药物来减轻009762-OO的副作用。
3.三期兵的训练周期缩短，训练技能从注重个人能力发展转向战术配合能力。二期兵2517开始训练，2525年才进入战斗，训练时间***8年。三期兵阿尔法连300名士兵，2531开始训练，2536年投入战斗，训练时间只有五年。
4.第三阶段的士兵不再装备雷神装甲，而是使用半动力渗透装甲(半功能潜伏装甲，SPI装甲)。SPI盔甲虽然优于普通士兵的盔甲，但在防御和功能上却远不及二期士兵的雷神盔甲。当然SPI护甲比雷神护甲便宜多了。SPI甲，顾名思义，在肉搏战中并不占优势，目的是“潜伏”。SPI装甲配备了最新的伪装功能，可以随时根据周围环境改变装甲的颜色和材质。它的材料相对较轻和柔软，为穿着者提供了最大的活动空间。但是SPI甲没有防护盾功能，所以没有防护能力。
第三阶段斯巴达士兵的训练是在第二阶段斯巴达士兵的监督下完成的——051库尔特(中校·库尔特·安布罗斯饰)和曼德斯。从2531年计划开始到2552年星际联盟战争结束，一个* * *训练了三组士兵。其中第一个投入战斗的阿尔法连在2537年的普罗米修斯任务中全部阵亡。第二批贝塔公司投入战斗
在2545年的鱼雷行动中阵亡，只有两名士兵幸存。第三批伽马连还在训练，玛瑙星上的先锋遗迹因为光晕被激活而处于戒备状态。最终伽马公司只有几个人和其他幸存的第二阶段士兵，豪斯医生和曼德斯的教官一起进入了神盾局世界。
考虑到第三阶段计划的领导者艾克森上校和主要负责人库尔特051已经被杀，而星际联盟和人类的战争也因为光环中中士的一系列举动而结束，恐怕斯巴达的第三阶段计划不会再招募士兵了。整个斯巴达计划也因为战争的结束而宣告结束。
第三阶段最后幸存的斯巴达战士包括:贝塔连:B091露西，B292汤姆，伽马连:G099阿什，G？-奥利维亚，G？马克，和日本刀队成员(人数和姓名不详)。