南京水利科学研究院学术期刊
水利与航道工程杂志
《水利水运工程学报》(原名《水利水运科学研究》)是由水利部主管的南京水利科学研究院主办的学术刊物。主要报告:水利水电、水运、海洋工程、土木建筑工程的规划、可靠性研究、科研、设计、施工、监督管理等方面的新理论、新技术、新方法、新成果。
海洋工程
《海洋工程》创刊于1983，是由中国科学技术协会、中国海洋学会主办，南京水利科学研究院、上海交通大学承办的学术季刊(ISSN1005-9865)，在国内外发行。《海洋工程》以促进学科理论发展、加速科研成果向生产力转化为宗旨，主要发表近岸工程、海岸工程、海洋能源利用工程、水下工程、潜水技术、救捞技术等领域具有理论水平和实践经验的学术论文、研究简报、综合评述、调查报告、成果介绍和学术动态报告。《海洋工程》已被《联合国水科学与渔业文摘》(ASFA)收录，并作为核心期刊被中国海洋文献数据库和正式出版的检索刊物《海洋文摘》收录。同时全文收录中国期刊网和中国学术期刊(光盘版)，被认定为中国科学引文数据库的来源期刊，被列入中国学术期刊综合评价数据库的来源期刊。2000年，他们赢得了第一届CAJ-CD规范执行卓越奖。
岩土工程杂志
《岩土工程学报》是由中国科学技术协会主管，中国水利学会、中国土木工程学会、中国理论与应用力学学会、中国建筑学会、中国水电工程学会、中国振动工程学会等六个全国性学会共同主办的学术性科技期刊。《岩土工程学报》创刊于1979，注册于江苏省南京市，由南京水利科学研究院承办，面向国内外公开发行。
水科学进展。
《水科学进展》是以水为主题的学术期刊，由南京水利科学研究院和中国水利学会主办。主要反映暴雨、洪水、干旱、水资源、水环境等领域科学技术的最新成就、重要进展、当代水平和发展趋势，报道有关水圈研究的新事实、新概念、新理论、新方法，交流新的科研成果、技术经验和科技动态。它是我们全面深入了解中国水科学进展的重要窗口。本刊是中国的中文核心期刊，被美国Ei和CA收录。2003年、2004年、2005年连续被授予“中国百种优秀学术期刊”称号。2004年获江苏省优秀期刊奖，入选江苏省期刊方阵。
小水电
《小水电》杂志是由水利部农村水电及电气化发展局、中国水利学会水电专业委员会、中国水电工程学会小水电专业委员会、中国电机工程学会小水电专业委员会、水利部农村电气化研究所(亚太小水电研究培训中心)主办的中国唯一的小水电技术期刊。
《中国海洋工程》
《中国海洋工程》是由中国海洋工程学会主办、南京水利科学研究院主编的英文综合性学术季刊(ISSN 0890-5487)。中国海洋工程的宗旨是向国外介绍我国海洋工程相关研究、设计、试验、生产、使用和管理的成果和学术动态，扩大对外宣传和交流，展示我国的研究水平。主要发表海洋工程、海洋工程、海洋能源利用工程、海洋环保工程、水下工程、潜水技术、打捞技术等方面的文章。手稿的内容包括工程建筑(海上平台、防波堤、码头、堤坝、系泊系统等。)、物理与数学模型试验技术、结构材料、结构应力分析、海洋工程土力学、海岸泥沙与波浪动力学等。
水利信息化
经水利部、新闻出版总署批准，自2010年4月起，水利水文自动化更名为水利信息化。指导单位为水利部信息化领导小组办公室，承办单位为水利部南京水利水文自动化研究所。更名后的《水利信息》杂志以服务水利行业信息化建设为宗旨，紧紧围绕水利信息化建设的主要任务，权威发布水利信息化建设的政策法规和标准，及时介绍水利信息化建设的经验和成果，介绍国内外信息化建设现状和信息技术发展趋势，敏锐跟踪信息化建设的热点、难点和重点，推动信息技术在水利行业的应用，促进水利现代化水平的快速提升。加强水利信息化宣传工作，传达水利信息化政策，普及信息化知识，促进水利信息化理论研究和学术交流。