广州市农业局内部结构
协助局领导处理日常工作，协调局机关政务工作；负责局机关会议组织、文电处理、文秘事务、政务信息、新闻宣传、档案管理、保密、信访、NPC和CPPCC提案办理、财务和机关后勤工作；组织起草局机关日常重要综合报告、文件和讲话材料；负责督办党委和局领导同意和批准的事项；制定本局相关规章制度并组织实施。
(2)政策法规司
组织农业产业和海洋管理政策研究，引导农业产业结构的合理调整、农业资源和海洋资源的合理配置以及产品质量的提高；负责农业产业政策法规起草的组织、协调、监督和检查；负责审查其他部门有关农业、农民、农村经济和海洋管理的政策法规规定；指导农业执法体系建设和农业海洋法制宣传教育；负责农业行政复议；组织协调农业系统的政策和综合研究，承担重要政策文件的起草工作；研究提出农产品、农业生产资料流通、价格、进出口等政策意见。
(3)发展规划办公室
组织制定农业和农村经济发展规划，负责农业基本建设投资项目和农业技术项目的规划管理；协调农业产业结构调整和综合平衡；制定和实施农业产业化规划，指导农业产业化经营；协调和支持具有示范效应的产业化项目工作；研究提出农业现代化的政策建议，指导和协调农业现代化工作；承担重要农业建设项目的审计；协调和指导农业区划工作；负责农业行业的统计汇总。
(4)财务部
负责编制市财政拨给农业和海洋管理的经费和本系统经费的预决算；指导和监督各种资金的使用；指导农业行业和直属单位的财务管理工作；指导和监督直属单位国有资产的管理、保值和增值；研究提出农业和农村经济发展的财税、信贷、保险等政策建议。
(5)农村经济体制和管理办公室(挂广州市农村集体资产管理办公室牌子)
研究提出深化农村经济体制改革的意见；完善以家庭承包制为基础的双层经营体制，引导农业经营者提高经营水平；指导农业社会化服务体系建设；指导农民专业合作经济组织建设；指导农村集体经济组织的建设、资产和财务管理及审计工作；指导农村土地承包、农地使用权流转和合同管理；组织农村经济收支、农民收入和农民负担的统计和监测，管理和监督减轻农民负担工作；负责市级农场相关行政事务的协调。
(6)市场和经济信息办公室
研究拟定农产品市场体系建设和农产品加工规划并组织实施；负责农业生产资料、农产品价格等农业信息的收集；预测和发布农产品和农业生产资料供求等农村经济信息；协调拟订农业信息化建设规划；组织和指导农业信息系统建设；协调农业产业开拓国内市场，构建国内产品营销网络；协调和组织参加国内大型农产品交易和展览活动；组织协调农业投入品质量检验和涉农工业产品技术质量标准的制定；指导绿色食品认证管理和农产品质量认证工作。
(7)对外经济办公室
组织与种植业、畜牧业、养殖业、乡镇企业和农业机械化以及与香港、澳门特别行政区和台湾省的经济技术交流与合作；拟订农业利用外资和农业招商项目的规划及相关政策，组织和参加有关农业对外贸易洽谈会，指导农业外资企业发展；引导农业产业开拓国际市场，构建海外产品营销网络；指导我市农业产业的技术输出和对外投资；研究国外农业和贸易的发展趋势，提出对策和建议；协调和指导局机关和直属单位的相关对外工作。
(8)科技教育司
研究拟定农业和海洋科技、教育、技术推广和队伍建设的发展规划和相关政策；协调农业科研、技术推广和教育培训系统的工作；承担科教兴农战略的实施；组织选择和实施重点科学研究和技术推广项目；负责组织引进优良动植物品种和先进技术；指导农业科技体制改革；管理科技成果；指导农民教育，组织农民技术职称评审；负责农业科技宣传和组织指导国内农业科技展览活动；指导农业生态环境保护；负责农业用地、农业湿地和农业生物物种、野生植物的保护、管理和生态农业建设；指导农村可再生能源的综合开发利用；承担国内异地引进的审查工作；建设项目环境影响报告书的耕地环境保护方案预审；承担工业废弃物及其制成品农用审批。
(9)农业综合开发办公室
制定全面的农业发展计划；制定农业综合开发项目实施细则和资金管理办法；协调农业综合开发项目的实施；协调和指导滩涂围垦；负责复垦资金的管理；引导和支持落后的农村地区发展经济。
(10)种植管理处
研究提出种植业发展规划和重要技术措施；起草有关种植管理的法律法规；指导种植结构和布局的调整；协调种植业重要生产项目的建设；组织和指导农作物先进技术的试验、示范和推广；提出耕地保护、补偿和改良的政策措施；收集掌握农情灾情，指导救灾种子、化肥等生产资料的储存和调拨；组织化肥、农药、种子等产品的质量监督、检验和登记；组织农业植物内部检验；负责农田基本建设的规划和实施；承担种植业统计工作；负责农药经营许可证、岗位证书、植保人员岗位证书和种子经营许可证的审批；负责签发植物检疫证书、种子质量证书和种子生产许可证。
(十一)蔬菜办公室(挂广州市“菜篮子工程”规划实施领导小组办公室牌子)
制定全市蔬菜生产供应计划和市场建设计划；检查和落实有关蔬菜生产政策；推广蔬菜生产新技术；负责菜地建设费的征收、使用和财务管理；协调并实施蔬菜批发市场建设；组织和指导实施无公害蔬菜生产和监测；组织协调蔬菜基地建设规划和基地示范点建设；审核菜地建设费减半；负责研究和编制菜篮子发展规划和年度计划；承担市“菜篮子工程”规划实施领导小组办公室的日常工作。
(12)海洋综合管理办公室
组织制定海洋开发规划，研究提出海洋开发技术进步措施和重要政策建议，并组织实施；起草海洋管理法律法规；负责海洋开发的综合管理和协调，组织和监督海域使用证和海域有偿使用制度的实施，参与海洋、海岛和海岸工程项目的审核；引导海域使用权流转；负责海洋环境保护和管理；负责渔港内船舶装卸易燃、易爆、有毒危险品和渔港内有碍海上交通安全的捕捞、养殖活动的审批；负责渔港内各种设施的新建、扩建、改建，或者其他水上、水下施工作业，向海域倾倒废弃物，新建、改建、扩建海岸、海洋工程建设项目，海上救生、救生艇筏操纵、船舶消防、海上急救等四项技能的专业培训，在我市海域铺设海底电缆、管道的审批和发证；666负责审核海域使用？6公顷以下100公顷以上海域使用证和50公顷以上海域使用证，向渔业水域排放污染物。
(十三)畜牧兽医管理办公室
研究提出畜牧业发展规划和政策措施；引导畜牧业结构调整；提出行业发展的重大技术进步措施；起草行业法律法规；负责兽药、兽药和畜禽管理工作；组织实施动物防疫和检疫工作；组织控制和扑灭动物疫病；组织制定兽医、兽药和畜禽品种标准，负责相关国家、行业和地方标准的监督实施；组织实施畜禽资源保护；负责畜牧业统计；负责新建畜禽父母代场、二级种畜场生产经营许可证和动物诊疗服务许可证的审批；负责发放兽药经营许可证、动物防疫合格证和养殖使用证；审查兽药生产许可证。
(14)渔业和渔业部
研究提出海水和淡水渔业发展规划、技术进步措施和重要政策建议，并组织实施；负责渔业行业管理，指导渔业生产结构和布局调整以及伏季休渔制度；负责协调指导渔政、渔港和渔船的检查监督，调解重要渔业纠纷；负责监督实施捕捞和种苗生产许可制度；拟订渔业资源保护和合理开发、渔业水域生态环境和水生野生动物保护的政策、措施和规划，并组织实施；组织实施水生动物防疫和渔药使用的监督管理，参与起草相关法律法规；参与水产品加工业发展和水产品市场体系建设规划；负责渔业统计；负责重点保护水生野生动物运输许可和渔船建造、购置、更新审批；负责发放水产种苗生产许可证、特种猎捕许可证、二级水生野生保护动物驯养许可证和经营许可证、内陆水域和近海捕捞许可证、渔业船舶无线电台执照、渔业船舶特种购运许可证、渔业船舶值班船员任免签证、发放渔业船舶船员服务簿、渔业船舶值班船员培训、考试、发证和考核、船舶出入境签证、渔业船舶登记、渔业资源人工增殖放流。负责审核一级水生野生保护动物特许猎捕证、驯养许可证、经营许可证，设立水产品批发市场，水生动物种苗及亲体进出口许可证，44KW小型渔船(60PS以下)检验，渔港认定，一、二级总体规划编制，远洋渔业企业资质认定等。
(十五)乡镇企业办公室
拟定乡镇企业发展规划和技术改造的政策措施；引导乡镇企业深化改革和科技进步，提高产品质量和管理水平；引导乡镇企业调整优化产业、产品结构和企业布局，发展区域经济技术合作和外向型经济；指导乡镇企业的财务会计、内部审计、教育培训工作；协调乡镇企业与相关行业管理部门的关系；负责乡镇企业的登记、统计和信息工作，分析经济运行情况。
(十六)农业机械化管理办公室
研究提出农业机械化发展规划、政策和法规；拟订农业机械化产业政策法规和农业机械作业技术规范和标准；研究提出设施农业的重要政策；指导农业机械化重点技术项目的引进和开发；协调农业机械化安全监管工作；指导农业机械化推广体系和服务体系建设；指导农业机械的使用管理和驾驶操作人员的教育培训；组织协调重要的农业机械化生产活动；指导农业机械维修管理工作；负责农业机械化统计工作。
(十七)组织人事处(机关党委办公室及其联合办公室)
负责局党委管理系统企事业单位(不含原归口行政单位和这些行政单位所属企事业单位)党建和干部管理的具体工作；研究制定局机关及下属单位人事管理的政策法规；负责机构编制、党建、劳动工资、人事考核、任免、培训、统战、侨务、计划生育、安全、工青妇等工作。负责农业行业及下属单位科技人员队伍建设规划、管理和技术职务评审；组织协调干部职工的思想政治工作。机关党委办公室设在组织人事处。
(十八)纪委办公室、监察室(联合办公室)
负责本系统党的纪律检查和行政监督工作；负责检查本系统党组织执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、法令的情况；研究制定本系统纪律检查和行政监察的规章制度；组织开展党纪政纪教育；组织对本系统单位财务活动的审计和监督；检查本系统党风廉政建设问题和党员干部违纪案件；受理群众来信来访和党员及被监督对象的投诉、申诉；负责纠正行业不正之风。
离退休干部管理处
贯彻中央、省、市关于离退休干部工作的方针、政策；组织离退休干部阅读学习文件和政治活动；负责安排离休干部的医疗、福利、休息和用车服务；有组织、有领导地充分发挥离退休干部在社会主义两个文明建设中的作用；会同有关部门办理离休干部的丧葬和康复事宜；负责局机关离退休干部各项经费的管理；负责局机关直属单位离退休干部工作的检查和指导，转发和传达有关文件；承办上级交办的与离退休干部工作有关的其他事项。