深圳市卫生和人口计划生育委员会内设机构
承担文电、会议、机要、档案、信息、保密、信访、督查、绩效考评、接待、政务公开、提案办理和重要文稿起草等工作；制定本机关的工作制度并监督实施；负责编纂有关年鉴、历史记录和简报；协调各直属单位的综合目标管理考核；负责委员会的电子政务工作；协调与市药品监督管理局的对口联系；协调与港澳台地区及其他国家(地区)卫生计生领域的交流合作和对外援助工作。
承办党务、工青妇、统战、侨务、纪检监察、行风建设等工作；负责两个代表、一个委员的相关工作；协调整个系统的精神文明和文化建设；承担委党委的日常工作。
人事司(科技教育司)
拟订卫生计生人才发展政策并指导实施；组织和指导卫生计生管理干部的岗位培训；承办机构设置、调配、工资福利、干部任免、考核、社会保险、住房公积金、出国政审、离退休人员服务等工作。
拟订卫生和计划生育科技发展规划及相关政策，统筹相关科研项目、新技术评价管理、适宜技术推广和科研基地建设；负责实验室生物安全的监管；组织和指导重点学科和重点实验室的建设；制定卫生和计划生育科技人员培训计划并组织实施；指导开展毕业后医学教育和继续医学教育，建立和推广住院医师、专科医师和全科医师规范化培训制度。
政策法规处(挂市医药卫生事业改革发展领导小组办公室牌子)
组织起草相关地方性法规、规章和政策；承担相关规范性文件的合法性审核；承办相关的行政复议和行政诉讼；指导卫生计生法制宣传教育，组织实施普法；指导卫生计生系统落实执法责任制；组织协调本部门的执法责任制；组织推进本部门行政审批制度改革和职能转变的相关工作。
承担市医药卫生事业改革发展领导小组及其办公室的具体工作，研究提出深化医药卫生事业改革发展的重大方针政策和措施建议，督促落实领导小组会议议定事项。组织推进公立医院改革。
规划及财务处(资讯及统计处)
拟订卫生和计划生育发展规划并监督实施；统筹规划、协调和优化全市卫生和计划生育服务资源配置，指导公共卫生和计划生育服务体系建设；管理大型医疗设备的配置；管理市级卫生和计划生育经费；推动完善卫生计生经费保障机制；管理机关和预算管理单位的预决算、财务、国有资产管理和内部审计；管理直属单位固定资产投资项目和基本建设；协助管理政府采购和价格管理工作；承担机关和协调全系统对口支援、环境绩效评估和节能降耗。统筹卫生计生信息化建设、卫生统计和信息共享，统筹全国计划生育财政统计和家庭奖励扶助统计。
宣传教育司
拟定卫生与计划生育宣传、公共健康教育和健康促进的目标、规划、政策和规范并组织实施；协调全系统新闻宣传工作，承担卫生计生科普、新闻信息发布工作；负责微博中的舆情监测和政务；负责宣传资料的管理及文字、图片、视频资料的收集、整理和归档；负责全市党政干部的卫生和计划生育理论教育。
妇幼保健和社区保健处
拟定妇幼卫生、社区卫生、生殖健康和计划生育技术服务的政策、规划、规范和标准并组织实施。建立和完善妇幼保健、社区卫生和计划生育技术服务网络，推进家庭医生责任制的实施；承担和指导妇幼保健、出生缺陷预防、人类辅助生殖技术管理、人类精子库管理和计划生育技术服务；依法规范计划生育药具管理；做好优生优育；指导、检查和监督节育手术并发症的预防、鉴定和处理；组织实施病残儿医学鉴定和出生缺陷干预项目；开展社区卫生和计划生育技术服务绩效评估；指导和推动社区卫生服务机构的标准化和规范化建设，监督和指导基层卫生政策的落实。
公共卫生监督管理办公室(综合监督办公室)
指导、监督和规范公共卫生行政执法工作，督办重大公共卫生违法案件；按照职责分工承担职业卫生、环境卫生、放射卫生、学校卫生、消毒产品以及与饮用水卫生安全相关产品的监督管理；组织食品安全风险监测、评估和沟通，组织实施食品安全标准的宣传和实施；组织食品安全事故的流行病学调查；组织开展公共场所、饮用水卫生、环境对健康的影响、传染病防治的动态监测、风险评估和预警。
疾病预防和控制司
针对严重危害人民健康的公共卫生问题，制定重大疾病预防控制规划、免疫规划和干预措施并组织实施；完善疾病预防控制体系，统筹建设包括疾病控制、慢性病防治和精神卫生在内的公共卫生体系，建立公共卫生机构之间、公共卫生机构与医疗机构之间的分工协作机制，预防和控制疾病的发生和传播；承担法定传染病疫情信息报告和发布管理工作；组织专业公共卫生机构和公共卫生服务项目的绩效考核。负责艾薇协会的对口协调。
计划生育监督管理办公室(计划生育基层指导办公室)
组织实施计划生育目标管理责任制考核、定期检查和年终考核；研究完善计划生育目标管理责任制的考核；监督和指导计划生育政策法规的实施，负责计划生育执法，查处计划生育行政违法的重大案件；指导推行计划生育一票否决制；指导计划生育业务统计、数据分析和信息共享，参与人口变动抽样调查和人口基础信息库建设；组织实施计划生育抽样调查和专项调查；指导和督促基层加强计划生育基础管理和服务，推进基层计划生育工作网络建设；负责直属单位的计划生育管理。
流动人口计划生育服务管理处(计划生育家庭发展处)
制定计划，规范和组织实施流动人口计划生育服务管理工作；推进流动人口计划生育服务均等化；加强对流动人口的动态监控；指导建立流动人口计划生育信息；研究提出促进计划生育事业发展的政策建议，建立健全计划生育利益导向机制和特殊困难家庭救助制度，制定计划生育奖励扶助政策；监督检查生育指标审批情况；承担出生人口性别比综合治理工作。
医务管理部门
拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量、医疗服务、医疗安全、采供血机构管理等方面的相关政策、规范和标准并指导实施，承担建立医疗机构医疗服务、医疗质量评价和监管体系的相关工作，统筹系统质量强市工作；制定医务人员的职业标准和服务规范；组织实施临床路径和优质护理服务；指导医疗机构的感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等相关工作；负责监管医疗机构的药学服务，并组织实施基本药物制度；承担医疗救援的指挥调度；监督医疗服务广告和义诊备案的管理；承担医疗技术风险防范，指导医疗事故纠纷处理；监督和指导全市医疗机构评估工作；做好殡葬管理工作；统筹各级各类医疗机构和临床重点专科建设。
中医系
拟订中医药、中西医结合和民族医药发展规划并组织实施；制定并组织实施中医医疗、保健、预防、康复、护理和临床用药的相关管理规定和技术标准；研究建立中药饮片质量标准体系；指导非中医医疗机构的中医药业务；指导、协调和组织中医药学术交流和技术合作。
市突发公共卫生事件应急管理办公室
制定卫生应急和紧急医疗救援的计划、制度、方案和措施；组织、协调和指导各地突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织实施预防和控制突发急性传染病的应急措施；组织实施重大灾害、恐怖活动、中毒事件、核事故和辐射事故的紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处理信息；负责协调重大活动的干部保健和医疗保障；负责医疗资源的跨区域应急调配和协调；协调全市卫生计生系统的职责管理；协调卫生计生系统的社会稳定、安全生产和综合治理工作。